地面水常常受到土壤、工业污水废水、生活污水及各种杂质的污染，促使细菌滋生，有时每毫升水中细菌数可达几万乃至几十万个在有的水域里，大肠杆菌甚至达数万个以房。虽然在水处理的过程中，经过混凝、沉淀(或澄清)、过滤等的净化过程，粘附在悬浮物上的大部分细菌、大肠肝菌、届原菌和其他二些微生物也一同被除去。但是，并不彻底，还存在一定量的对人体有害的微生物。
为了保障人民的健康，防止疾病的传播，还必须进行水的消毒，以杀灭水中的病毒。我国“生活饮用水卫生标准”中规定，在37℃培养24H的水样中，细菌总数不超过100个／ml，大肠菌群每升水中不超过3个。为此在混凝澄清过滤之后还需进行消毒。在工业冷却水处理中，为了防止循环水不产生生物粘泥，要控制循环水中的异养菌数不超过500000个／mL，因此，对于作为循环水系统补充水的过滤水，亦需要进行消毒杀菌处。在除盐水处理系统，为了防止离子交换树脂受到细菌的污染，也需要对其原水进行消毒杀菌。此外，消毒还可以除去水的色度。
