化学絮凝法在制药废水处理中的另一大应用就是对废水中的有效成分进行提纯和回收。上世纪50年代以来制药废水的提纯主要集中在水提醇沉、调等电点加热两种工艺上，但传统提纯方法对有效成分的损失率很大，并且醇沉时间长、周期长，乙醇回收困难等问题导致成本过高，而调等电点加热工艺同样存在耗能高、收效低等缺陷，亟需改进。在二步发酵制备维生素C工艺中，发酵液中含大量药品培养基和菌体蛋白，采用调等电点加热除蛋白法不仅能耗大，提取收率也低。值得注意的是，在对发酵液进行化学絮凝的同时应该与生物絮凝适当结合，利用发酵液局部的高浓度形成酵母生物絮凝核心，在提高絮凝效果的同时又可节约絮凝剂投加量。有研究表明，在相同条件下被分离的细胞壁的絮凝与完整细胞的絮凝没有差别，这说明酵母生物絮凝核心的形成与否取决于其细胞壁的性质，是细胞之间的静电斥力与作用于相邻细胞间的特殊键合力相互竞争的结果，同时与体系中二价离子种类和浓度密切相关。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
甲壳素类澄清剂是近年来出现的新型絮凝剂，广泛用于药品制剂的除杂、提纯，而壳聚糖作为使用最普遍的甲壳素类吸附澄清剂种类之一，属天然有机高分子弱阳离子型絮凝剂，无毒无味，相对分子质量较一般强阳离子型絮凝剂小，但却具有与其相当的絮凝效果，除杂效果好，沉降速度快，对药液有效成分损失率低。
总的来说，在对发酵液进行提纯、回收阶段应用絮凝技术主要是利用菌体的自絮凝性能或通过诱导使菌体在一定条件下发生絮凝来提高目标产物的浓度。而在后续处理阶段主要是通过添加絮凝剂使颗粒细小的胶体、菌体细胞、细胞碎片、残留培养基等固形物结合成较大的颗粒，使得发酵液的固液分离更容易实现，进一步提高目标产物的浓度。所以，对制药废水经济、高效的提纯处理应该是将生物絮凝和化学絮凝有机结合起来，但以化学絮凝为主，在不同絮凝阶段形成不同类型的杂质絮凝核心以实现对有效药物成分的提纯、回收。
