絮凝过程的主要作用是将水中呈分散状态的微粒杂质聚集成较大的絮凝体，从而通过沉淀、过滤等过程从水中分离。影响医药废水絮凝效果的因素，除水力条件外，主要有以下几个方面：由于制药废水中COD、色度和SS的含量均较高，且可生化性都较差，所以一般宜选用高分子絮凝剂进行絮凝处理，利用高分子絮凝剂在一定条件下通过自身的长链将废水中的颗粒、胶体物质以及可溶性大分子物质“桥联”起来形成大的颗粒聚合体而去除。当然，决定絮凝剂种类的最终因素还是废水的性质、主要污染物种类，不同污染物所适用的絮凝剂不同。MuhammadH.等采用化学絮凝沉淀工艺对高浓度有害废水进行预处理的试验研究，结果表明在含有Fe2+、Fe3+、Al3+几种絮凝剂中，含有Fe3+的FeCl3的絮凝效果最为理想。这主要是由于废水中存在大量的丙烯酸脂结构可以形成Fe3+的配位基体和电子供体，从而使得Fe3+与丙烯酸脂结构的结合能力远远大于其余离子，因而絮凝效果十分理想，对原废水浊度的去除达到99%以上。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
有研究证实，疏水性越强的阳离子絮凝剂对阴离子性质的有机污染物的絮凝效果越好。有机和无机絮凝剂絮凝作用主要机理不同，在实际处理过程中有意识地将两者结合起来使用絮凝效果更佳。但二者投加顺序十分关键，一般先投加无机絮凝剂再投加有机絮凝剂，这主要是因为用絮凝法处理制药废水要首先考虑使水体中的胶体脱稳，即首先考虑无机絮凝剂的吸附电中和作用，在胶体脱稳的基础上再使有机絮凝剂的网捕和架桥功能发挥协同作用。向利福平废水中依次投加聚合硫酸铁(PFS)和阳离子聚丙烯酰胺(C-PAM季铵型)絮凝剂并调节pH值到中性，这样充分发挥前者的吸附-电中和和压缩双电层絮凝作用以及后者的架桥吸附和网捕卷扫的絮凝作用，所取得的处理效果远比使用单一絮凝剂好，且絮凝体大、密集，沉降分层迅速。研究同样证实，将无机凝聚剂与高分子絮凝剂复合使用，分离发酵液中的谷氨酸菌体是一种行之有效的做法。
