化学絮凝是目前国内外普遍采用的、提高废水处理效率的一种既经济又简便的固液两相体系分离的水处理方法，作为预处理、中间处理或深度处理的手段已成功应用于制药废水处理中。一般认为，化学絮凝对制药废水的抑菌有明显削减作用，主要是因为复合絮凝剂中高价金属离子如Ca2+、Al3+、Fe3+及其氢氧化物和有机聚合物等与残留药物分子的活性基团结合形成了难溶复合体，并在无机胶体和有机聚合物之间进行架桥，形成复合胶体网链并产生粘结、吸附和卷扫等聚沉分离作用，从而使药物分子丧失其生物活性、废水药物效能被去除，COD得到同步去除。
由于制药废水，尤其抗生素废水中残留的有害药物成分、发酵中间产物和部分原料等对生化处理中的微生物可能产生强烈的抑制性，而目前制药废水一般都采用二级生化处理，为了达到理想的处理效果，不得不将处理流程加长，有效池容加大。尽管如此，处理效果依然很差，且基建投资和运行成本也都较高。利用化学絮凝法在预处理阶段将制药废水中的COD、色度、悬浮物和残留药物成分予以大幅度去除，降低废水的药物效能，使经过预处理的制药废水水质特性发生根本性改变，接近或达到普通有机废水的水质状况，为后续处理的顺利进行奠定基础。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
目前国内外有关这方面的报道主要集中在如何高效利用“外投式”传统化学絮凝和“内生式”电化学絮凝两方面。夏远东等采用由微生物絮凝剂发酵液与改性硫酸铝构成的新型絮凝剂处理COD的质量浓度为15300mg/L，pH值为6.8的麻黄素和土霉素生产的混合废水，加入量为500mg/L，COD的质量浓度可降为4545mg/L，去除率达到60.3%，废水的颜色由棕黑色变为黄色;曾常华等采用铁屑内电解絮凝沉淀工艺处理生产黄体酮醋酸酯类医药中间体混合生产废水，废水COD的质量浓度为5480mg/L，处理后COD下降30%左右，同时废水的可生化性显著提高。
