中国煤炭科工集团杭州环保研究院原名浙江省煤炭研究所，成立于1958年，1985年起划归原煤炭部，由煤炭部和浙江省双重领导，单位名称为煤炭科学研究总院杭州所，1988年9月更名为煤炭科学研究总院杭州环境保护研究所，2009年1月正式更名为煤炭科学研究总院杭州环保研究院，并确定环境保护为本所的主导专业，2011年更名为中国煤炭科工集团杭州环保研究院。 目前我院是全国煤炭系统唯一的专业环保研究机构，主要从事煤矿水处理与资源化利用、节能减排与工业废水、废气处理等技术的研究、开发和应用。本所是煤炭工业技术委员会矿区环境保护专家委员会、中国煤炭学会环境保护专业委员会的挂靠单位，并负责编辑出版《能源环境保护》杂志。
随着改革的深入发展，1999年本院被国务院列入为全国首批改革的242个科研院所之一，现为中央直属国有重点科技型企业。目前已形成了集科研、设计、设备系统集成、环保工程承包、环境监测与影响评价的科技经营型经济实体。主要研究开发部门有煤矿水处理工程部、环境工程部、环评中心。现已成为国家级高新技术企业，通过了ISO9001-2000质量管理体系认证，现已具有国家环保总局颁发的《环境影响评价乙级证书》、国家建设部颁发的《环保工程专项设计证书（废水甲级、废气乙级）》和国家计委颁发的《工程咨询乙级证书》。
全院现有在职职工126人，其中研究员9人，高级职称30名，中级职称45人，专业技术人员占职工总数的88%。所学专业涉及环境工程、市政工程、环境生物、有机化学、分析化学、环境化学、燃料化工、采煤、煤化工、物理化学、选矿、矿机、机电、机械、通风安全、综合利用等。
从1978年以来，全院共完成科研项目142项，其中国家攻关(子课题)2项、国际合作项目1项、重点科研项目12项、一般科研107项，其它为标准和基金项目。其中有20项科研成果获得了原煤炭部、能源部及浙江省的奖励。近五年中，获六项实用新型专利和一项发明专利。
2003年由我院与大屯煤电公司合作完成的“矿井水净化及资源化成套技术与装备的开发”项目获得了煤炭行业科学技术一等奖。
煤炭科学研究总院杭州环保研究院位于萧山区临江工业园区（第二农垦场），是一家专注于环境保护的高新技术企业，注册资金3000万元。作为专业的环保公司，始终以中国的环境保护事业为己任，竭诚致力于环保服务事业，综合实力在全省同类型企业名列前茅。煤炭科学研究总院杭州环保研究院成立以来，已经取得国家环保部颁发的污染治理设施运营资质证书，具体为：2008年获得工业废水乙级资质，有效期为2011年11月；2012年获得工业废水乙级资质，有效期为2015年07月。