南京市排水管理处成立于1978年，属差额拨款的事业单位。2004年，因市政管养体制改革，原承担的行业规划、行业执法、行业考核、城区防汛、排水许可等行业管理职能剥离。目前，主要负责全市污水管道、污水泵站、雨污合流泵站和部分雨水管道、雨水泵站以及市管水闸、内秦淮河截流沟等排水设施的运行维护，并负责江心洲污水处理厂和仙林污水处理厂的运行。同时，承担部分排水工程的建设任务和排水许可的委托检测工作。
处机关设办公室、党群工作部（工会、共青团）、运行维护部、技术设备部、工程管理部、综合管理部、安全保卫部、计划财务部8个部门，共设有江心洲污水处理厂、仙林污水处理厂、管线管理所、闸站管理所、河道管理所、排水监测站、给排水工程公司、监理咨询公司8个基层单位。
另外，2002年经主管局批准成立的江心洲污水处理厂扩建工程指挥部（简称“江扩指”），隶属于排水管理处，相对独立运作。先后承担了江心洲污水处理厂扩建工程、仙林污水处理厂一期建设工程的建设任务。目前主要负责锁金村地区雨污分流改造工程、玄武湖流域雨污分流及水环境整治工程的建设工作。根据所承担的工作任务，2010年7月对江扩指机构予以撤销，人员与工程管理部作了整合，保留江扩指综合协调办公室负责处理江心洲污水处理厂建设的善后事宜。
南京市排水管理处位于江苏路20号，是一家专注于环境保护的高新技术企业。作为专业的环保公司，始终以中国的环境保护事业为己任，竭诚致力于环保服务事业，综合实力在全省同类型企业名列前茅。南京市排水管理处成立以来，已经取得国家环保部颁发的污染治理设施运营资质证书，具体为：2009年获得生活污水甲级资质，有效期为2012年05月；2009年获得工业废水甲临资质，有效期为2012年05月。