中成药废水具有成分复杂，有机污染物种类多、浓度高、CODCr值和BOD5值高且波动性大、废水的BOD5/CODCr值差异较大、NH3-N浓度高、色度深、毒性大、固体悬浮物SS浓度高等特点，直接采取好氧厌氧工艺处理很难达到预期效果，一般都要经过预处理，提高废水的可生化性。
1.混凝法
预处理采用混凝法主要是去除废水中的分散颗粒和胶体物质，以降低色度和COD，通过实验研究，发现PFSS为最佳混凝剂。
2.铁屑还原法
中药提取物生产废水采用铁屑还原法作为预处理工艺,不仅可去除40%以上的CODcr;还可显著提高废水的可生化性,其BOD/COD将由0.1~0.15提高到0.30以上,为后续的生化处理提供了稳定的水质。
采用铁屑还原法作为预处理时使生化处理过程中容易形成颗粒化污泥,并显著地提高了污泥的沉降性能,因而系统启动时间短,运行稳定。用铁屑还原法作为预处理时可以有效的对中药提取物生产废水脱色,无须采用化学氧化便可使出水色度符合排放标准。采用铁屑还原法作为预处理时,系统的污泥产生量较大,设计时应充分考虑污泥的出路问题,以免造成二次污染。
3.水解法
在以生产中成药为主的制药厂排出的废水中,含有许多有机物都是从植物中带来的,例如单宁、甙类、蒽醌、生物碱等。这类有机污染物结构比较复杂,不宜生物降解。通过水解法对中成药废水进行预处理并没有直接降低是使废水中结构复杂的大分子有机物降解转变成结构简单的小分子有机物,使它们易于生物降解。水解法是通过加水分解含易水解基团聚合物的方法，水解必须在特殊条件下进行。水解反应是水与另一化合物反应，该化合物分解为两部分，水中氢原子加到其中的一部分，而羟基加到另一部分，因而得到两种或两种以上新的化合物的反应过程。
4.水膜除尘技术
在中药废水进行好氧生化前，将中药废水与煤渣和烟道废气相互作用，进行以脱色和降解COD为主的预处理，使生化处理前的BOD/COD值（即可生化性）提高，色度降低，有利于后续好氧生化处理。
在这一过程中，生产废水先与锅炉煤渣作用，将生产废水中的颗粒杂质以及有机高分子胶体物质过滤吸附截留，然后再与锅炉烟道废气作用。在烟道废气的高温及粉煤灰的作用下，废水中的高分子污染物被分解和吸附，从而使废水得以脱色，COD得以降解，提高了废水的可生化性。
5电解预处理
电解法处理废水高效、易操作，可降低废水和色度。提高废水可生化性。可作为制药废水预处理并与生化法联用。实验证明用电解方法对制药废水作预处理时，最佳停留时间为30min，电解电压高有利于处理效果，废水最佳pH值为9。对含盐量不高的制药废水，选用NaCl作为电解质处理效果最佳。当NaCl用量达到6.7g/L时，加入NaCl对电解处理效果几乎无影响。
