好氧生物处理技术就是在有氧条件下，利用好氧微生物(包括兼性微生物)的作用对污染物进行处理的技术。在好氧条件下，有机物最终被转化为水和二氧化碳等，部分有机物被微生物同化合成新的细胞物质。普通活性污泥法、深井曝气法、SBR法、生物流化床法、接触氧化法等都属于好氧处理工艺。
1普通活性污泥法：目前，国内外处理抗生素废水比较成熟的方法是活性污泥法。由于加强了预处理，改进了曝气方法，使装置行稳定，到20世纪70年代已成为一些工业发达国家的制药厂普遍采用的方法。但是需要大量稀释，运行中泡沫多，易发生污泥膨胀，剩余污泥量大，去除率不高，常常必须采用二级或多级处理。因此，近年来，改进曝气方法和微生物固定技术以提高废水的处理效果，已成为活性污泥法研究和发展的重要内容。
深井曝气法是活性污泥法的一种，是高速活性污泥系统。与普通活性污泥法相比，深井曝气法具有氧利用率高、污泥负荷高、占地面积小、保温效果好、不易发生污泥膨胀等优点。我国于1980年在东北制药总厂建成了国内第一座深井曝气装置;随后，苏州第一、第二、第四制药厂，上海第三制药厂，湖南制药厂等相继也建成深井曝气废水处理装置。随着我国工业废水排放标准提高，采用现行的深井曝气装置来处理制药废水，已不能达到排放标准，因此，切实可行的办法是在其后增加其他的处理装置。例如与生物接触氧化法等联用，处理高浓度的制药废水，如林可霉素生产废水、维生素C生产废水。
SBR法具有均化水质、无需污泥回流、耐冲击、污泥活性高、操作灵活、运行稳定等优点，比较适合于处理间歇排放、水质水量波动大的废水。目能SBR法己成功应用于许多制药工业废水的处理中，如磺胺混合废水、制药废水、四环素、庆大霉素等废水的处理。佘宗莲等采用SBR法处理多种抗生素混合废水，当进水COD为911～3280mg/L时，在曝气16h条件下，出水COD均在350mg/L以下，去除率达84.6%～90.6%，出水BOD和SS皆满足国家行业排放标准，且泥水分离性能良好。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
生物流化床将普通的活性污泥法和生物滤池法两者的优点融为一体，具有容积负荷高、反应速度快、占地面积小等优点。生物流化床常以工厂烟道灰等做载体，内设挡板，使流化床分为曝气区、回流区、沉淀区。对麦迪霉素、四环素、卡那霉素等制药工业废水，都有报道可采用生物流化床技术进行处理。
生物接触氧化是一种介于活性污泥法与生物膜法之间的生物处理技术，同时具有两者的优点。与普通活性污泥法相比较，由于生物固定在填料上，固体停留时间长，生物相丰富，能够生长时代周期较长的微生物，而相比于一般的生物膜法，由于增加了曝气装置，生物能够接收到足够的氧，生物活性好。因此生物接触氧化法比较适宜于处理难降解物质含量较高的工业废水。在制药工业废水的处理中，常常直接采用生物接触氧化法，或用厌氧消化、酸化作为预处理工序再接接触氧化法来处理土霉素、麦迪霉素、维生素、洁霉素、四环素等制药生产废水。
氧化沟工艺是活性污泥法的变形，从工作原理上近似于延时曝气，但同时具有推流式和完全混合式的特点，而且按照不同的运行方式，可以实现脱氮除磷的目的。
固定化微生物法是将微生物固定在载体上或定位于限定的空间区域内，并保持其生物功能，反复利用。固定化微生物处理技术可提供高浓度的生物量和高度的生物活性，因此处理能力提高，稳定性好，且有效避免了污泥上浮、菌体流失的问题，污泥产生量少。固定微生物技术既可用于好氧处理中，也可以用在厌氧处理技术中。固定化微生物技术己用来处理四环素、阿苯哒哇、扑尔敏、布洛芬等废水的处理。
