肥东县污水处理厂工程是解决巢湖水污染治理，保证县域经济和环境协调发展的重点项目，县城污水处理厂一期工程建设规模为2.5万吨/日，占地面积50.12亩，2007年11月正式投入运营，使该县成为市属三县最早启动污水处理的县城。2008年4月通过省、市、县三级环保行政主管部门验收。
近年来，随着县城人口的快速增长，县城用水量和排水量逐年增加，特别是肥东县新区入驻企业增多，一期工程已不堪重负，县城“水环境”受到威胁。为满足县城污水处理的实际需要，肥东县委、县政府决定开工建设污水处理厂二期工程。该项目建设规模为新建2.5万吨/日污水处理和5万吨/日深度处理工程，扩征土地30亩，建设城市配套污水管网37.65公里。该县建设局作为城市建设的职能部门，充分认识到此项工程关系到全县广大市民的切身利益以及对全县节能减排，防止水污染具有重要意义。为此，在工程建设过程中，对施工计划进行动态控制，根据工程进展情况，不断优化施工方案，倒排工期，安全施工，确保工程质量，促使工程早日建成并投入运行。截至目前，二期工程所有建筑单体已完工，设备安装到位。2010年10月，2.5万吨/日污水处理工程进入试运行阶段；2011年4月，5万吨/日深度处理工程也进入试运行阶段，目前县城污水处理厂污水处理能力达到5万吨/日。
该项目的建成，标志着肥东能够有效及时处理城区的生活污水，避免污水及污染物直接排入店埠河，对于改善我县生态环境、提升城市品位和促进县域经济可持续发展具有重要意义。(肥东县建设局 中国污水处理工程网)
