早在20世纪40～50年代，好氧生物处理工艺就应用于抗生素制药废水的处理，如美国的普强药厂在1945年就开始进行合成制药废水好氧生物处理研究，1948年建成废水处理车间。此后多家药厂采用生物滤池处理抗生素废水，惠新药厂采用完全混合加速曝气法处理高浓度青霉素废水。20世纪50～60年代，在美国日本等国家采用混合稀释、大量曝气充氧的活性污泥工艺取得了较好的效果。20世纪60年代中期到70年代中期，生化处理工艺不断发展，在制药废水处理中大量应用如纯氧曝气、塔式生物滤池、接触氧化、生物转盘、深井曝气等专门用于制药废水处理的新工艺。进入20世纪80年代后，序批式间歇曝气活性污泥法(SBR)及其各种变形工艺，如循环曝气活性污泥工艺(CASS)、间歇循环延时曝气活性污泥法(ICEAS)等较好的克服了普通活性污泥的缺陷，解决了前述工艺存在的问题。20世纪80年代，好氧工艺是我国制药废水处理工程中的主导工艺，主要工艺有活性污泥法、接触氧化法、深井曝气、氧化沟等，1982年在东北制药总厂建成的80m3的试验用深井曝气系统，经一年多的试验，取得了很好的处理效果。在80年代中后期引发了一场深井曝气工艺的热潮，苏州第一、第二、第四制药厂，上海第三制药厂，湖南制药厂等相继建成深井曝气废水处理工程。据不完全统计，制药行业先后投产了32眼深井。但到80年代末，由于部分深井出现渗漏现象，再加之深井施工难度大，基建费用高等问题，深井工艺很快进入低潮。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
20世纪90年代初氧化沟工艺曾在合成制药、抗生素制药废水处理中得到应用，如上海第四制药厂、济宁抗生素总厂，但是其负荷低占地面积大的缺点限制了氧化沟的进一步推广，同时期，接触氧化法在制药废水处理中也得到了比较广范的应用，如华北制药厂，河北维尔康公司等。接触氧化法兼有活性污泥法和生物膜法的特点，具有很高的处理负荷，能够处理容易引起污泥膨胀的有机废水。在制药工业生产废水的处理中，常直接采用接触氧化法或者厌氧消化、酸化作为预处理工序，来处理土霉素、麦迪霉素、维生素C、洁霉素、四环素以及中药等制药生产废水。但在实际运行中，要保持接触氧化良好的运行效果，通常要求进水的COD浓度不大于1000mg/L而且运行负荷也不宜过高，否则会导致填料结团，影响处理效果。20世纪90年代中期，SBR/ICEAS工艺在江西东风制药厂和苏州第二制药厂得到应用，取得了较好的效果。90年代末山东鲁抗集团从美国引进CASS技术获得了成功，从而CASS技术在制药废水治理中得到推广，石家庄制药集团中润公司、华曙公司、哈尔滨制药总厂等陆续引进，处理效果普遍较好。进入21世纪后，针对SBR、CASS等工艺池容利用率偏低等问题，人们又在采用类似三槽式氧化沟、UNITANK以及MSBR等工艺形式处理制药废水方面进行不断探索。但是制药废水好氧处理通常要求进水COD浓度较低，常常需要对进水进行稀释才能取得较好的处理效果，所以越来越多的研究者开始关注厌氧处理工艺。
