近年来，海事港航部门着力解决船舶油污废水和生活垃圾收集处理，助力“绿色水运”发展。
船舶上的水处理系统主要分为两块：
1、船舶生活用水处理系统，主要以粪便、洗涤、餐厨等污水。另外还有含油污水，如机舱水、压舱水和洗舱水。
2、船舶压载水处理系统，控制船舶纵倾、横倾、吃水、稳性或应力而在船上加装的水。
这两部分的水是都需要排大海里的。所以，需要对它们进行处理达标之后才可排放。
生活污水处理：
船舶生活污水处理方法如按污水的排放方法可分为无排放型生活污水处理装置和排放型生活污水处理装置。无排放型生活污水处理装置通常包含有船舶贮存方式和再循环处理方式;而对于排放型生活污水处理装置，由于国际公约和相关规定中排放标准的要求，使得船舶生活污水必须 经过相应的处理后才能按规定排放。通常船上采用的排放型生活污水处理方式按净化方法的不同可分为：生物学方法、物理化学方法、电化学方法及混合处理方法等。
目前，船舶采用的生活污水处理方式主要有两种：收集贮存式和处理排放式。
收集贮存式
通过专设的粪便柜收集贮存含粪尿的厕所冲洗水，集中排放到岸上接收装置或待航行到非限 制海域时排放。其粪便柜应将加强筋放在柜的外侧，以利清洗内部，同时柜内壁应涂敷环氧树脂或采用玻璃钢衬里，以防锈蚀。采用这种处理方式的装置，只需从各个厕所汇集粪尿的管路和足够容量的贮存舱柜即可，所以装置十分简单，造价低，但贮存舱柜的容量往往需要很大，特别是长期航行或停泊在禁止排放的海域的船舶，更是如此。同时当粪尿需要长期贮存时，还必须使用化学药品杀菌、消毒和除臭，增加药品费用。
处理排放式
设置专门的生活污水处理装置，将生活污水经物理、化学、生物等处理后直接排放或处理后的净水回收循环使用。根据其处理的方法的不同、具体又有如下几种常见方式：
1) 生化处理：又称活性污泥处理或曝气处理。
其通常是利用好氧性微生物为主的活性污泥对污水中的有机物进行氧化分解，使其变成无机物，然后进行化学药品消毒处理再排放。
2) 理化处理：先将生活污水进行机械分离,使液体和固体分开，然后用化学药品对污水进行除臭、消毒、杀菌，达到排放标准后排放或循环利用，而泥渣、污泥等固体废物则送到焚烧炉焚烧。
采用此种处理装置与生化相比较,装置较轻小，随时可停止或启动，容易实现自动控制，而且处理后的水质也可不受船舶摇摆和不同海域水质的影响,是船舶常用的另一种处理方式。但也存在装置较复杂，维修管理要求较高等缺点。
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