自然生态处理是在自然条件通过环境生物净化废水的一种方法，目前已成为研究与应用的热点，其中稳定塘、土地处理、人工湿地研究与应用最多。它们的共同特点是能耗低，管理简便，运行费用低，可实现多种生态系统的组合，有利于废水的综合利用。
因其占地量大，特别适宜有足够土地可利用的小型养殖场。日本曲径探寻10多年后，于20世纪70年代又大力推广粪便污水还田。美国、澳大利亚等国一般采用未经厌氧处理而直接进入氧化塘的方法来处理畜禽粪便污水，同时要经过多级厌氧塘、兼性塘、好氧塘与水生植物塘，污水停留时间长，占地面积大。我国南方地区大多采用厌氧预处理后再进入氧化塘进行处理。在人工湿地处理养殖废水方面的研究，主要着眼于植物的筛选和处理效果的考察，而对于氧化塘、人工湿地究竟需要多大面积其出水才能达到标准，此方面尚缺乏深入研究。
1 稳定塘工艺
养殖废水在进入氧化塘处理前，必须经预处理，如先经沉淀池处理再经厌氧滤池进行降解，最后进入氧化塘系统，这样才能实现氧化塘的处理效果，否则悬浮物和有机物浓度过高，氧化塘的处理效果不理想。通常在氧化塘正常运行的条件下CODCr的有效临界点为262.6mg/l，一旦超过临界点氧化塘中植物的受伤程度越大，净化作用就越小。
采用厌氧塘、兼性塘和好氧塘串联系统处理禽畜养殖废水，从建造和运行角度而言是最经济的，并且处理效果令人满意、可靠。除了开始运行时有些气味外，不会产生其他问题。
2 土地处理
采用喷灌土地的方法处理屠宰废水主要应用于美国，此系统的优点是简单、成本低，但操作不当可能会引起地表水和地下水的污染，过量的脂肪可能会造成土壤堵塞，因此该方法对废水预处理的要求较高。
3人工湿地处理
人工湿地是通过对湿地生态系统中的物理、化学和生物三者的协同作用来处理污水。其特点是投资少、效果好、运行维护方便 ，建设成本相同能力污水处理厂的1/5左右。但其占地面积是传统污水处理厂的5～10倍左右。单独采用人工湿地处理禽畜养殖废水，难以达标，如果与物化预处理和生物预处理结合，既可以节省投资，也可以降低运行费用。
