生物化学治理方法主要是借助于微生物的新陈代谢作用，分解向酒废水中的有机物质或其他杂质，白酒废水中通常含有较高浓度的有机物质，微生物的生物化学作用具备很好的可再生性，不仅不会对白酒废水造成二次污染，同时还可以增强废水的可生化性，生物化学方法已经成为我国酒业生产中应用较广泛的废水处理技术，一般可以根据微生物的好氧性和厌氧性对具体措施进行分类。
1厌氧法：有些白酒酿造流程会产生大量的高浓度有机废水，例如：白酒发酵和蒸馏工艺中产生的锅底水或发酵池水中有机废物含量较高，如果采用物理处理法仅能除去体积较大的渣滓，净化后水的纯度和生化性都无法满足循环利用的标准，利用微生物的厌氧性可以有效改善净化工艺效果，同时能够回收能源。目前，厌氧法白酒废水处理技术已经成为研究热点课题之一，国内外研究人员开发出多种净化反应器，如uAsB反应器、EGsB反应器与lcsR反应器等，并借助于微生物生化规律研究成果，对如何提高有力废物的净化能力做出大量探索。由于生化法在运行和管理过程中需要投入大量资金，厌氧微生物的生化作用同时还会产生较大量沼气，对白酒企业的沼气搜集和利用设备的要求较高，并不适合一般小酒厂的废水处理。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
2好氧法：好氧法处理技术是利用好氧微生物与废水接触过程中，通过微生物的生化作用对有礼物进行降解或吸收，从而有效降低白酒废水中的有机杂质。这种方法相对于厌氧法的好处在于微生物的生化过程并不产生臭味气体，同时作用时间较短，废水处理效率较高。目前应用较广的两种技术是生物膜废水处理法与活性泥废水处理法。，在处理过程要及时补充氧气以增强微生物的生化作用，这种方法较适用于白酒工艺过程中间歇排放的废水净化处理，净化后的水质明显提高，一般可以直接用于循环操作。
3好氧法与厌氧法协同作用：研究表明，如果在白酒废水治理中单独采用厌氧法，净化后的水质仍然无法满足循环利用的标准，而单独采用好氧法，又需要建设大规模的处理流程，经济性下降。在实际白酒废水处理中一般是先采取厌氧法进行废水净化，然后再运用好氧处理，综合利用好养细菌与厌氧细菌的生化作用降解有机杂质。在厌氧处理阶段针对白酒废水中的有机物和絮状物进行去除，好氧处理阶段对废水巾的污泥进行有效去除，不仅设备规模可以得到降低，同时可以提升废水处理后的生化性能，获得更好的循环利用效果。研究表明，如果在厌氧阶段同时采用水解酸化处理技术，不仅可以提升好氧细菌的生化作用，提升净化能力，同时还可以采用更多种类的降解细菌，充分发挥微生物的净化作用。
