制药工业废水经过常规物化或生化处理后虽可净化去除废水中大部分有机物，但其中的发色物质难以被彻底去除，脱除废水中的色度对净化水质具有十分重要的意义。由于制药废水普遍具有浓度高、色度深、可生化性较差的特点，一般通过预处理很难彻底去除废水色度，必须结合一些脱色技术和方法才能有效的去污除色，以达到废水排放的标准。
常用的脱色方法主要有物理脱色法、化学脱色法、微生物脱色法。
3.1物理脱色法(1)吸附法此处的吸附法与上述的废水处理物理吸附法基本相近，吸附剂会吸附有色污染物之后沉降，常用的吸附剂有活性炭、粉煤灰，竹炭等。
陈镇等为了使得竹炭的效果有所提高使用了CaCl2化学浸渍法改变了竹炭的结构特性以及表面化学性质，大大的提高竹炭的脱色率。实验证明在pH=5、反应时间按接近12h时其脱色率达90%，由此可见改良后竹炭的脱色率相对于未改良的竹炭提高了很多。
(2)混凝法混凝法与吸附法相似，不同点在于其清除的污染物一般是胶体或悬浮小颗粒，这些物质吸附在混凝剂上沉降，但是此法主要是降低废水色度，而并不是清除有色物质。混凝剂又可分为无机混凝剂、有机混凝剂、微生物混凝剂，常用的混凝剂主要有铝盐、铁盐、聚丙烯酰胺、纳米纤维等，微生物混凝剂目前来说还不算成熟所以应用较少。
3.2化学脱色法(1)氧化法氧化法又可分为臭氧氧化法、湿式氧化法、电化学氧化法、Fenton法。
臭氧氧化法是指臭氧分解后，利用其强氧化性使其与具发色官能团的污染物反应将大分子物质降解成小分子物质，使其脱色。湿式催化氧化法是指氧气在高温、高压、催化剂的条件下作为氧化剂将污染物降解成易清除物质，降低废水的色度。此法一般在造纸、印染中常见。
电化学氧化法是指在具外加电场的前提下，污染物质发生氧化反应之后降解成小分子物质从而达到清除有色物质。
Fenton法目前在废水处理领域中是一种效果显著且值得深入研究的方法，研究表明，此法对于有色物质的清除效果较好，且潜力巨大，值得推广。
宋亚丽采用超声Fenton法对偶氮染料废水进行处理，超声Fenton法使用的试剂可以与酸性染料产生协同作用使其降解，，研究结果表明单独的Fenton法对酸性染料的降解率(脱色率)相对于超声Fenton法来说较低，效果并不理想。
(2)保险粉法连二亚硫酸钠(Na2S2O4)也称为保险粉，主要作为漂白剂使用，其脱色原理是保险粉具较强还原性，利用其还原性破坏污染物质的发色基团从而达到脱色目的，相对于活性炭来说，保险粉的脱色效果较弱。由于保险粉是具有一定危害的物质，所以使用的时候应当小心操作。
陶大钧等人对中药制药废水的处理中使用了此法，在pH=6.5，与氧气结合时间为1h，之后加入催化剂，COD清除率可达51%。
3.3微生物脱色法微生物脱色法是利用微生物与污染物质的氧化反应使得污染物质降解成易清除物质，但是微生物的选择面比较小且很容易受到外界影响，所以此法目前为止还不是一个成熟的处理方法，很少使用到。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
李慧星在微生物法脱色印染染料的研究中采用了微生物酶脱色法对染料废水进行处理，菌株培养到一定程度使用诱导物(有机酸、木质素等)使其产生锰过氧化物进而对靛蓝进行脱色处理。实验结果表明脱色率随着时间的增加而增加，在反应6h后其脱色率可达89.74%～90.62%。
3.4复合脱色法制药废水的处理要求越来越高，难度越来越大，为了使得其处理的更加彻底，如今的处理方法都不会采用一种，大多都是两两结合或者更多，这就是复合脱色法。
一般而言，制药废水的处理与脱色都是一起处理的，如朱雷等人的Eu掺杂ZnO光催化剂降解制药废水中用水热法将醋酸锌(Zn)和六水合硝酸铕(Eu)制成复合纳米棒光催化材料粉体，结合氢氧化钠沉淀剂来处理废水，结果表明，水热反应温度为160℃时，3%的Eu加上ZnO合成的复合纳米棒光催化材料效果较满意，时间为6h，波长为365nm处紫外灯光照射时间为150min是其脱色率达38.8%，COD的清除率达57.5%。
单一的废水处理也同样可以使用复合脱色法，在肖玉峰[16]的制药废水处理中使用了水力空化技术与臭氧氧化法。水力空化技术的原理是流体的压降现像在液体外部压力低于饱和蒸汽压的条件下会演变出一系列复杂的变化，变化过程大致如下产生压降现象后，流体中的气体会发生膨胀甚至溶出，当周围压力增大时，空化泡的体积会急剧减小甚至消失，在这一瞬间所产生的超大压强会使得其产生一系列反应，实验结果表明此法对COD的清除率为49.95%。
关晓琳等人在研究制药废水的处理时采用了膜法富氧曝气与好氧-厌氧-好氧相结合的方法，曝气是指将空气中的强行注入向中的过程，其目的是获得足够的溶解氧，此研究中将板式富氧膜与膜生物反应器相结合处理废水，结果表明在COD为2000～2500mg/L、反应时间30～45min，富氧曝气的效果达到峰值，COD去除率在83%之上。
林旭龙采用了混凝法与生物接触好氧法进行废水脱色处理，生物接触好氧法是指在曝氧法的基础上，形成生物膜以后，投放微生物，使得微生物吸附在生物膜上起到活性污泥与生物过滤的作用。
研究表明水力停留时间越长，反应越稳定，对有色基团的清除率越高，最高可达88.6%。
