（1）加强生物相观察
在正常运行和生物膜降解能力良好时，生物膜上的生物相相对稳定，细菌和原生动物之间存在着制约关系。
在运行过程中，若有机物负荷或营养状况有较大变化，则原生动物中固着性钟虫、枝虫消失，丝状菌稀少，菌胶团结构松散，而游泳性草履虫、钟虫大量出现，出水水质变差。
反之，若原来出水水质较差，一旦出现钟虫、枝虫、丝状菌，菌胶团结构紧密，而游泳性草履虫、钟虫减少，则说明环境条件有了改善，出水水质变好。因此原生动物纤毛虫，特别是钟虫、枝虫是生物接触氧化系统运转良好的有价值的指示性生物。
（2）控制进水pH值
影响生物接触氧化池正常运转的因素主要有温度、pH值、溶解氧和营养物。pH值较易测定，对于pH值过高或过低的废水，要进行pH值的调节处理，控制生物接触氧化池pH值在6.5-9.5之间。否则，氧化池中微生物易受损害，影响生物相和处理效果。
（3）防止填料的堵塞
防止填料堵塞除在设计过程中选择适宜的填料外，在运行过程应定时加大气量对填料进行反冲洗，通常是15~20d反冲洗一次，每次反冲洗30分钟左右。这对于填料上衰老生物膜的脱落，促进生物膜的新陈代谢，防止填料堵塞很有效。
