发酵结束后的发酵液组成情况非常复杂，处理措施与化学合成法明显不同。通常情况下，发酵液中目标物浓度很低，而杂质含量却很高，成份远较化学反应母液情况复杂，大量菌体细胞、培养基、各种蛋白质胶状物、色素、金属离子和其它代谢物等混杂其中，使得发酵液的预处理对于目标物的获取非常必要。
全自动膜过滤除菌系统可应用在高浊度、高粘稠度发酵液的除菌、澄清工艺或菌体浓缩工艺，是代替传统板框过滤、离心分离、硅藻土过滤等工艺，获得高质量过滤分离液体的理想设备。
发酵液过滤除菌设备应用优点：
1、固定孔径截留，不添加滤料，除菌效果非常稳定。
2、适应各酸碱PH值范围的发酵液应用和高含固量发酵液的应用。
3、不仅能获得除菌后的澄清液体，还能浓缩回收菌体，或包含在菌体中的有用物质。
4、高浓缩比例，大大减轻后处理的工艺负荷。
5、工艺简单，环节少，能耗低，分离效率高。
6、设备自动化程度高，清洗恢复快，膜的使用寿命长，运行费用低。
