化学法处理制药废水主要包括铁炭法、化学氧化还原法、电解法和深度氧化技术等.应用化学方法时，某些试剂的过量使用容易导致水体的二次污染，因此，在设计前应做好相关的实验研究工作。
KMnO4氧化法：谭燕宏利用KMnO4氧化法预处理中草药制药废水的优化反应条件为:KMnO4投加量13mg/L，反应时间为25min，pH值为6.预氧化法为后续处理减轻了很大难度，但是由于反应温度过高，给实际应用提出了新的问题。
三维电极法：赵敏等利用三维电极法处理河南郑州某制药厂的维生素制药废水，优化工艺参数:电解电压为10V，极板间距8cm，电解时间20min，初始pH为4.此时COD值和色度的最大去除率分别为59.5%和93.57%.但是酸性环境中可能会产生对电极和反应槽的腐蚀作用，所以寻求适合的催化剂，使反应在不调节pH或者在稍偏酸的环境中也有较好的处理效果，从而降低运行的成本。具体联系污水宝或参见http://www.dowater.com更多相关技术文档。
深度氧化技术：深度氧化技术主要包括:Fenton试剂法、催化湿式氧化、光催化氧化、臭氧氧化等.这是一种处理难降解制药废水的新技术.Fang等利用Fenton试剂(铁盐和H2O2)预处理化学合成制药废水，反应条件温和，但是氧化能力较弱，残留大量铁离子.Melero等采用复合型催化剂Fe2O3/SBA-15湿式氧化法处理制药废水，结果表明，COD和TOC去除率分别为81%、51%，提高了可生化性，但是，稳定催化剂的制备却是一个难题.目前，Mohapatra等利用TiO2和ZnO纳米乳清级光催化剂降解卡马西平制药废水.实验显示，在TiO2和ZnO光催化剂作用下，去除率分别达到100%、92%.Qin利用O3/UV/H2O2处理盐酸黄连素制药废水，结果表明，黄连素去除率达94.1%且可生化性提高.但是，O3的储存和制备增加了设备与操作费用.因此，目前迫切需要一种高效、低能耗无二次污染的制药废水处理方法。
